प्रशासन स्‍कंध, संयुक्‍त सचिव (प्रशासन) के अधीन है और उप सचिव (प्रशासन) एवं अवर सचिव (प्रशासन) इनकी सहायता करते हैं। ये चार अनुभागों, नामत: स्‍थापना, सामान्‍य प्रशासन, रोकड़ एवं केंद्रीय रजिस्‍ट्री का काम करते हैं। स्‍थापना अनुभाग को पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय के मुख्‍य सचिवालय के 273 नियमित कार्मिकों (समूह क, ख और ग) के सेवा एवं प्रशासनिक मामलों का कार्य सौंपा गया है। यह अनुभाग, कार्मिक एवं प्रशिक्षण विभाग सहित विभिन्‍न मंत्रालयों द्वारा जारी सभी प्रशासनिक आदेशों का मुख्‍य सचिवालय में कार्यान्‍वयन करता है। यह अनुभाग, महिलाओं के यौन उत्‍पीडन और यौन अथवा जेंडर के आधार पर उत्‍पीडन से संबंधित महिला कर्मचारियों की शिकायतों से संबंधित आंतरिक शिकाय समिति के मामलों पर भी कार्रवाई करता है।

पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय का सामान्‍य प्रशासन, अधिकारियों/कर्मचारियों की बैठने की व्‍यवस्‍था, कार्यालय उपकरणों, फर्नीचर, टेलीफोन सुविधा, फोटोकॉपीयर मशीन, कंप्‍यूटर, एयर कंडीशनिंग मशीन आदि की व्‍यवस्‍था करने संबंधी कार्य करता है। यह अनुभाग वाहन, अखबार, कार्यालय परिसरों की सफाई संबंधी व्‍यवस्‍था करता है।

कार्यकलाप:-
 

• पीएफएमएस के माध्यम से महंगाई भत्ता बकाया, छुट्टी नकदीकरण, ट्यूशन फीस, गृह निर्माण भत्ता, अग्रिम, समयोपरि भत्ता तथा वेतन बकाया बिल सहित वितन बिलों को तैयार करना एवं सभी बिलों का ई-भुगतान करना।
• प्राप्ति एवं भुगतान से संबंधित वेतन बिल रजिस्टरों (पीबीआर) और अन्य लेखा रजिस्टरों का रखरखाव करना। 
• जीपीएफ के अंतरण के संबंध में अन्य पीएओ से चैक प्राप्त करना, जीपीएफ अग्रिम/उनके आहरण संबंधी बिलों को प्रोसेस करना और जीपीएफ खातों का रखरखाव करना। वार्षिक जीपीएफ विवरण तैयार करना।  
• जीईएम के माध्यीम से खरीद संबंधी विभिन्न  बिलों/ऑफलाइन बिलों को प्रोसेस करना और ई-भुगतान को प्रोसेस करना। अधिकारियों/स्टाफ को अग्रदाय धन से नकद भुगतान करना।
• यात्रा भत्ता बिलों (घरेलू/विदेश) को तैयार करना और ई-भुगतान के लिए प्रोसेस करना। 
• ई-भुगतान के माध्यम से अग्रिम तथा ई-भुगतान अंतिम निपटान के लिए छुट्टी यात्रा रियायत (एलटीसी (गृहनगर/अखिल भारतीय) को तैयार करना। 
•  स्‍थानांतरित/ सेवानिवृत्त हो रहे कार्मिकों के संबंध में अंतिम वेतन प्रमाणपत्र (एलपीसी) तैयार करना। अधिवर्षिता/स्वैंच्छिक सेवानिवृत्ति पर डीसीआरजी, छुट्टी नकदीकरण, समूह बीमा योजना और पेंशन के कम्‍यूटेशन बिलों को तैयार करना। 
• लाइसेंस फीस की वसूली एवं इसे ऑनलाइन भेजना तथा संपदा निदेशालय, निर्माण भवन को लाइसेंस फीस भेजना तथा उनसे पत्राचार करना।
• विभिन्न लेखा शीर्षों में चिकित्सा प्रतिपूर्ति बिल और आरटीआई आवेदन शुल्कन, यात्रा भत्तों आकस्मिक बिल तैयार करना।
• आयकर का आकलन करना, विवरणी भरना और अधिकारियों/स्टाफ को फार्म 16 जारी करना।
• आरटीआई संबंधी मामलों का निपटान करना।