सचिव (पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय) की सहायता के लिए एक अपर सचिव, वरिष्ठ आर्थिक सलाहकार, संयुक्त सचिव, सलाहकार (सांख्यिकी), विकास सलाहकार (पत्तन) और निदेशक, उप सचिव, अवर सचिव स्तर के अन्य अधिकारी, अन्य सचिवालय/अधिकारी एवं स्टाफ हैं।
वित्त स्कंध के प्रमुख, विशेष सचिव एवं वित्त सलाहकार हैं जो वित्तीय विवक्षाओं वाली सभी नीतियों एवं अन्य प्रस्तावों को तैयार करने और इन्हें लागू करने में सहायता करते हैं। विशेष सचिव और वित्तीय सलाहकार की सहायता के लिए एक उप सचिव (वित्त), एक सहायक वित्तीय सलाहकार/अवर सचिव (वित्त), एक अवर सचिव (बजट), अन्य सचिवालय अधिकारी एवं स्टाफ हैं।
मंत्रालय के लेखा पक्ष के प्रमुख, प्रधान मुख्य लेखा नियंत्रक हैं जो अन्य बातों के साथ-साथ लेखांकन, भुगतान, बजट, आंतरिक लेखापरीक्षा एवं नकदी प्रबंधन के लिए उत्तरदायी हैं।
सलाहकार (सांख्यिकी) मंत्रालय के विभिन्न स्कंधों को नीति नियोजन, परिवहन समन्वय, पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय से संबंधित विभिन्न परिवहन माध्यमों के संबंध में आर्थिक एवं सांख्यिकीय विश्लेषण पर आवश्यक डाटा समर्थन प्रदान करते हैं।
पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय के प्रशासनिक नियंत्रण में निम्नलिखित अधीनस्थ/संबद्ध कार्यालय, स्वायत्त निकाय, सोसाइटी/संघ एवं सार्वजनिक क्षेत्र निकाय कार्य करती हैं।
अधीनस्थ/संबद्ध कार्यालय
स्वायत्त निकाय
सोसाइटी/संघ
सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रम
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