सचिव (पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय) की सहायता के लिए एक अपर सचिव, वरिष्ठ आर्थिक सलाहकार, संयुक्त सचिव, सलाहकार (सांख्यिकी), विकास सलाहकार (पत्तन) और निदेशक, उप सचिव, अवर सचिव स्तर के अन्य अधिकारी, अन्य सचिवालय/अधिकारी एवं स्टाफ हैं।
वित्त स्कंध के प्रमुख, विशेष सचिव एवं वित्त सलाहकार हैं जो वित्तीय विवक्षाओं वाली सभी नीतियों एवं अन्य प्रस्तावों को तैयार करने और इन्हें लागू करने में सहायता करते हैं। विशेष सचिव और वित्तीय सलाहकार की सहायता के लिए एक उप सचिव (वित्त), एक सहायक वित्तीय सलाहकार/अवर सचिव (वित्त), एक अवर सचिव (बजट), अन्य सचिवालय अधिकारी एवं स्टाफ हैं।
मंत्रालय के लेखा पक्ष के प्रमुख, प्रधान मुख्य लेखा नियंत्रक हैं जो अन्य बातों के साथ-साथ लेखांकन, भुगतान, बजट, आंतरिक लेखापरीक्षा एवं नकदी प्रबंधन के लिए उत्तरदायी हैं।
सलाहकार (सांख्यिकी) मंत्रालय के विभिन्न स्कंधों को नीति नियोजन, परिवहन समन्वय, पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय से संबंधित विभिन्न परिवहन माध्यमों के संबंध में आर्थिक एवं सांख्यिकीय विश्लेषण पर आवश्यक डाटा समर्थन प्रदान करते हैं।
पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय के प्रशासनिक नियंत्रण में निम्नलिखित अधीनस्थ/संबद्ध कार्यालय, स्वायत्त निकाय, सोसाइटी/संघ एवं सार्वजनिक क्षेत्र निकाय कार्य करती हैं।
- अधीनस्थ/संबद्ध कार्यालय
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- स्वायत्त निकाय
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श्यामा प्रसाद मुखर्जी पत्तन प्राधिकरण
वी.ओ. चिदंबरनार पत्तन प्राधिकरण
जवाहरलाल नेहरू पत्तन प्राधिकरण
भारतीय अतंर्देशीय जलमार्ग प्राधिकरण, नोएडा
महापत्तन प्रशुल्क प्राधिकरण, मुंबई
नाविक भविष्य निधि संगठन
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सोसाइटी/संघ
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नाविक कल्याण निधि सोसाइटी
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सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रम
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सागरमाला विकास कंपनी लिमिटेड, नई दिल्ली
शिपिंग कॉर्पोरेशन ऑफ इंडिया लैंड एंड एसेट्स लिमिटेड, मुंबई
इनलैंड एंड कोस्टल शिपिंग लिमिटेड, कोलकाता (एससीआई की सहायक कंपनी)
एससीआई भारत आईएफएससी लिमिटेड, गुजरात (एससीआई की सहायक कंपनी)
हुगली कोचीन शिपयार्ड लिमिटेड, कोलकाता
उडुपी कोचीन शिपयार्ड लिमिटेड, मालपे
इंडिया पोर्टस ग्लोबल प्रा. लि., मुंबई
- एसपीवी व अन्य
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कामराजार पोर्ट लिमिटेड (चैन्ने पत्तन प्राधिकरण की कंपनी)
इंडियन पोर्ट रेल एंड रोपवे कार्पोरेशन लिमिटेड (आईपीआरसीएल), मुंबई
ड्रेजिंग कार्पोरेशन ऑफ इंडिया लिमिटेड, विशाखापट्टनम
सेतुसमुद्रम कॉर्पोरेशन लिमिटेड, चैन्ने
- उत्कृष्टता केंद्र
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समुद्री डिजिटल उत्कृष्टता केंद्र (एमडीसीओई)
राष्ट्रीय प्रौद्योगिकी केंद्र बंदरगाह जलमार्ग और तट, आईआईटी मद्रास (एनटीसीपीडब्ल्यूसी)
सेंटर ऑफ एक्सेलेंस इन मैरीटाइम एंड शिप बिल्डिंग, विशाखापट्टनम (सीईएमएस)
अंतर्देशीय और तटीय समुद्री प्रौद्योगिकी केंद्र, आईआईटी खडगपुर (सीआईसीएमटी)
समुद्री अर्थव्यवस्था एवं संयोजन केंद्र, आरआईएस, नई दिल्ली (सीएमईसी)
राष्ट्रीय हरित पत्तन एवं पोत परिवहन उत्कृष्टता केंद्र, टीईआरआई, नई दिल्ली (एनसीओईजीपीएस)