सचिव (पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय) की सहायता के लिए एक अपर सचिव, वरिष्ठ आर्थिक सलाहकार, संयुक्त सचिव, सलाहकार (सांख्यिकी), विकास सलाहकार (पत्तन) और निदेशक, उप सचिव, अवर सचिव स्तर के अन्य अधिकारी, अन्य सचिवालय/अधिकारी एवं स्टाफ हैं।
वित्त स्कंध के प्रमुख, विशेष सचिव एवं वित्त सलाहकार हैं जो वित्तीय विवक्षाओं वाली सभी नीतियों एवं अन्य प्रस्तावों को तैयार करने और इन्हें लागू करने में सहायता करते हैं। विशेष सचिव और वित्तीय सलाहकार की सहायता के लिए एक उप सचिव (वित्त), एक सहायक वित्तीय सलाहकार/अवर सचिव (वित्त), एक अवर सचिव (बजट), अन्य सचिवालय अधिकारी एवं स्टाफ हैं।
मंत्रालय के लेखा पक्ष के प्रमुख, प्रधान मुख्य लेखा नियंत्रक हैं जो अन्य बातों के साथ-साथ लेखांकन, भुगतान, बजट, आंतरिक लेखापरीक्षा एवं नकदी प्रबंधन के लिए उत्तरदायी हैं।
सलाहकार (सांख्यिकी) मंत्रालय के विभिन्न स्कंधों को नीति नियोजन, परिवहन समन्वय, पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय से संबंधित विभिन्न परिवहन माध्यमों के संबंध में आर्थिक एवं सांख्यिकीय विश्लेषण पर आवश्यक डाटा समर्थन प्रदान करते हैं।
पत्तन,पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय के प्रशासनिक नियंत्रण में निम्नलिखित अधीनस्थ/संबद्ध कार्यालय, स्वायत्त निकाय, सोसाइटी/संघ एवं सार्वजनिक क्षेत्र निकाय कार्य करती हैं।
अधीनस्थ/संबद्ध कार्यालय
- नौवहन महानिदेशालय, मुंबई
- अंडमान लक्षद्वीप बंदरगाह निर्माण कार्य, पोर्ट ब्लेयर
- दीपस्तंभ एवं दीपोत महानिदेशालय, नई दिल्ली
स्वायत्त निकाय
- श्यामा प्रसाद मुखर्जी पत्तन न्यास
- पारादीप पत्तन न्यास
- विशाखापट्टणम पत्तन न्यास
- चेन्नई पत्तन न्यास
- वी.ओ. चिदंबरनार पत्तन न्यास
- कोचिन पत्तन न्यास
- न्यू मैंगलोर पत्तन न्यास
- मुरगांव पत्तन न्यास
- मुंबई पत्त न्यास
- जवाहरलाल नेहरू पत्तन न्यास
- दीन दयाल पत्तन न्यास
- भारतीय अतंर्देशीय जलमार्ग प्राधिकरण, नोएडा
- महापत्तन प्रशुल्क प्राधिकरण, मुंबई
- भारतीय समुद्री विश्वविद्यालय
सोसाइटी/संघ
सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रम
- भारतीय नौवहन निगम, मुंबई
- कोचिन शिपयार्ड लि., कोचिन
- केंद्रीय अंतर्देशीय जल परिवहन निगम लिमिटेड
- हुगली डॉक एवं पोर्ट इंजीनियर्स लिमिटेड
- कामराजार पोर्ट लिमिटेड
- सेतुसमुद्रम कारपोरेशन लिमिटेड