समन्वय प्रभाग, राष्ट्रपति सचिवालय, उपराष्ट्रपति सचिवालय, मंत्रिमंडल सचिवालय, प्रधानमंत्री कार्यालय, अन्य मंत्रालयों और संगठनों से प्राप्त संदर्भों से संबंधित समग्र समन्वय और निगरानी का कार्य करता है। यह प्रत्येक माह सचिव (पत्तन, पोत परिवहन और जलमार्ग) की ओर से मंत्रिमंडल सचिव को भेजे जाने वाले अर्ध शासकीय पत्र को संकलित और तैयार करता है। यह माननीय प्रधानमंत्री/प्रधानमंत्री कार्यालय/ मंत्रिमंडल सचिवालय/नीति आयोग द्वारा पत्तन, पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय के सेक्टर की समीक्षा का समन्वय करने, नीति आयोग के लिए पीएम इन्फ्रा लक्ष्यों/केपीआई की स्थिति की निगरानी करने और नीति आयोग के लिए प्रधानमंत्री की सेक्टर समीक्षा बैठकों के कार्य बिंदुओं पर नज़र रखने के लिए उत्तरदायी है। यह विंग, विभागाध्यक्षों के साथ वरिष्ठ अधिकारियों की बैठक (एसओएम)/वीसी का समन्वय करता है और मंत्रालय के चिंतन शिविर का आयोजन करता है।
प्रधानमंत्री कार्यालय के पीएम रेफ पोर्टल, पीएमओ के प्रगति पोर्टल और मंत्रिमंडल सचिवालय एवं आर्थिक कार्य विभाग के ई-समीक्षा पोर्टल पर पत्तन, पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय से संबंधित प्रमुख कार्य बिंदुओं की निगरानी की जाती है। समन्वय प्रभाग, संसदीय मामलों जैसे संसद सत्रों में उठाए जाने वाले संभावित मुद्दों, संसदीय समितियों की रिपोर्टों, और अन्य मंत्रालयों के संसदीय प्रश्नों पर इनपुट के लिए समन्वयन, संसद के दोनों सदनों में माननीय राष्ट्रपति के अभिभाषण, माननीय प्रधान मंत्री के स्वतंत्रता दिवस और माननीय वित्त मंत्री के बजट सत्र के लिए सामग्री एकत्र करने और उसे तैयार करने का कार्य करता है। इसके अतिरिक्त, यह विंग वीआईपी संदर्भों की मॉनीटरिंग करता है, अन्य मंत्रालयों/विभागों से प्राप्त उन संदर्भों का निपटान करता है जिसमें मसौदा मंत्रिमंडल नोट (डीसीएन)/स्थायी वित्त समिति (एसएफसी)/व्यय वित्त समिति (ईएफसी)/सार्वजनिक निवेश बोर्ड (पीआईबी)/प्रत्यायोजित निवेश बोर्ड (डीआईबी)/ अन्य मंत्रालयों/विभागों के मामलों से संबंधित अवधारणा नोट/ नीति जिसमें जन विश्वास संबंधी मामला भी शामिल है पर पत्तन, पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय की टिप्पणियाँ/इनपुट मांगी जाती है। इस प्रभाग को मंत्रालय की वार्षिक रिपोर्ट की सामग्री एकत्र करने और वार्षिक रिपोर्ट तैयार करने, पीआईबी द्वारा पत्तन, पोत परिवहन और जलमार्ग मंत्रालय की वर्षांत समीक्षा प्रकाशित करने और सूचना एवं प्रसारण मंत्रालय द्वारा प्रकाशित वार्षिक इंडिया बुक संबंधी कार्य भी सौंपा गया है। यह प्रभाग समय-समय पर होने वाले अन्य समन्वय मुद्दों के साथ-साथ सूचना का अधिकार (आरटीआई), सीपीग्राम पोर्टल (लोक शिकायत), लेखापरीक्षा पैरा/लेखापरीक्षा पैरा निगरानी प्रणाली (एपीएमएस) पोर्टल (सीएजी/पीएसी), स्वच्छ भारत अभियान/विशेष अभियान 5.0/लंबित मामलों के निपटान के लिए विशेष अभियान पोर्टल, GeM के माध्यम से खरीद की समीक्षा/निगरानी और नागरिक चार्टर मामले से संबंधित समन्वयन का कार्य करता है।