सचिव (पत्तन, पोत परिवहन एवं जलमार्ग) को एक विशेष सचिव, वरिष्ठ आर्थिक सलाहकार, संयुक्त सचिव, सलाहकार (सांख्यिकी), विकास सलाहकार (पत्तन) तथा निदेशक, उप सचिव, अवर सचिव एवं अन्य सचिवालय अधिकारियों एवं कर्मचारियों द्वारा सहायता प्रदान की जाती है।
वित्त प्रभाग का नेतृत्व अपर सचिव एवं वित्तीय सलाहकार द्वारा किया जाता है, जो वित्तीय प्रभाव वाले सभी नीतिगत मामलों तथा अन्य प्रस्तावों के निर्माण एवं प्रसंस्करण में सहायता करते हैं। अपर सचिव एवं वित्तीय सलाहकार की सहायता उप सचिव (वित्त), अवर सचिव तथा अन्य सचिवालय अधिकारियों एवं कर्मचारियों द्वारा की जाती है।
मंत्रालय के लेखा पक्ष का नेतृत्व प्रधान मुख्य लेखा नियंत्रक द्वारा किया जाता है, जो लेखांकन, भुगतान, बजट, आंतरिक लेखा परीक्षा तथा नकद प्रबंधन सहित अन्य कार्यों के लिए उत्तरदायी हैं।
सलाहकार (सांख्यिकी) मंत्रालय के विभिन्न प्रभागों को नीतिगत योजना निर्माण, परिवहन समन्वय तथा परिवहन के विभिन्न माध्यमों से संबंधित आर्थिक एवं सांख्यिकीय विश्लेषण हेतु आवश्यक आँकड़ों का सहयोग प्रदान करते हैं।
निम्नलिखित अधीनस्थ/संलग्न कार्यालय, स्वायत्त निकाय, समितियाँ/संघ तथा सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रम पत्तन, पोत परिवहन एवं जलमार्ग मंत्रालय के प्रशासनिक नियंत्रणाधीन कार्यरत हैं।
- अधीनस्थ/संलग्न कार्यालय
- स्वायत्त निकाय
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- श्यामा प्रसाद मुखर्जी पत्तन प्राधिकरण
- पारादीप पत्तन प्राधिकरण
- विशाखापत्तनम पत्तन प्राधिकरण
- चेन्नई पत्तन प्राधिकरण
- वी. ओ. चिदंबरनार पत्तन प्राधिकरण
- कोचीन पत्तन प्राधिकरण
- न्यू मैंगलोर पत्तन प्राधिकरण
- मुरमुगाओ पत्तन प्राधिकरण
- मुंबई पत्तन प्राधिकरण
- जवाहरलाल नेहरू पत्तन प्राधिकरण
- दीनदयाल पत्तन प्राधिकरण
- भारतीय अंतर्देशीय जलमार्ग प्राधिकरण, नोएडा
- भारतीय समुद्री विश्वविद्यालय
- नाविक भविष्य निधि संगठन
- कामराजार पोर्ट लिमिटेड (चेन्नई पत्तन प्राधिकरण की कंपनी)
- समितियाँ/संघ
- सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रम
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- शिपिंग कॉर्पोरेशन ऑफ इंडिया लिमिटेड, मुंबई
- कोचीन शिपयार्ड लिमिटेड, कोच्चि
- सागरमाला डेवलपमेंट कंपनी लिमिटेड, नई दिल्ली
- शिपिंग कॉर्पोरेशन ऑफ इंडिया लैंड एंड एसेट लिमिटेड, मुंबई
- इनलैंड एंड कोस्टल शिपिंग लिमिटेड, कोलकाता (एससीआई की सहायक कंपनी)
- एससीआई भारत आईएफएससी लिमिटेड, गुजरात (एससीआई की सहायक कंपनी)
- हुगली कोचीन शिपयार्ड लिमिटेड, कोलकाता
- उडुपी कोचीन शिपयार्ड लिमिटेड, मालपे
- इंडिया पोर्ट्स ग्लोबल प्राइवेट लिमिटेड (आईपीजीएल), मुंबई
- एसपीवी एवं अन्य
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- इंडियन पोर्ट रेल एंड रोपवे कॉर्पोरेशन लिमिटेड (आईपीआरसीएल), मुंबई
- ड्रेजिंग कॉर्पोरेशन ऑफ इंडिया लिमिटेड, विशाखापत्तनम
- सेतुसमुद्रम कॉर्पोरेशन लिमिटेड, चेन्नई
- उत्कृष्टता केंद्र
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- समुद्री डिजिटल उत्कृष्टता केंद्र (एमडीसीओई)
- राष्ट्रीय पत्तन, जलमार्ग एवं तटीय प्रौद्योगिकी केंद्र, आईआईटी मद्रास (एनटीसीपीडब्ल्यूसी)
- समुद्री एवं जहाज निर्माण उत्कृष्टता केंद्र, विशाखापत्तनम (सीईएमएस)
- अंतर्देशीय एवं तटीय समुद्री प्रौद्योगिकी केंद्र, आईआईटी खड़गपुर (सीआईसीएमटी)
- समुद्री अर्थव्यवस्था एवं संपर्क उत्कृष्टता केंद्र, आरआईएस, नई दिल्ली (सीएमईसी)
- हरित पत्तन एवं पोत परिवहन के लिए राष्ट्रीय उत्कृष्टता केंद्र, टेरी, नई दिल्ली (एनसीओईजीपीएस)










